Un supercomputer GPU per simulare il virus H1N1

Un gruppo di ricercatori dell'Institute od Process Engineering of Chinese Academy of Sciences è stato in grado di poter simulare per la prima volta l'intero virus H1N1 responsabile di una delle più gravi pandemie influenzali degli ultimi anni.

Grazie all'impiego del supersistema Mole-8.5 e di una applicazione di dinamica molecolare sviluppata appositamente, i ricercatori sono stati capaci di utilizzare lo strumento informatico come una sorta di "microsocpio computazionale" per indagare in maniera approfondita la struttura atomica del virus.

"Il supercomputer Mole-8.5 ci permette di compiere attività di ricerca scientifica che semplicemente prima non erano possibili. Questa ricerca è un passo importante nello sviluppo di percorsi più efficaci per controllare le epidemie e per creare medicine antivirali" ha commentato Ying Ren, assistente professore presso il CAS-IPE. Lo studio di virus e batteri negli esperimenti di laboratorio è una parte piuttosto difficile nelle attivita di ricerca poiché spesso le reazioni avvengono in maniera estremamente rapida e sono difficili da poter essere osservate. Le simulazioni al computer di queste reazioni erano precedentemente oltre la portata dei supercomputer per via della complessità nella simulazione di miliardi di particelle alle corrette condizioni ambientali.

L'applicazione di dinamica molecolare sviluppata dai ricercatori del CAS-IPE si appoggia all'accelerazione GPU: il supersistema Mole-8.5 è infatti un'installazione da 288 nodi che integra 2200 GPU NVIDIA Tesla. I ricercatori sono stati in grado di simulare 770 picosecondi al giorno, con un tempo di integrazione di 1 femtosecondo per 300 milioni di atomi o radicali.